《行政诉讼法》第十二条明确行政协议案件属于行政诉讼的受案范围。行政协议是行政机关为履行行政职责实现行政管理目标，与相对人经过协商一致所达成的协议，具有民事合同属性。根据最高人民法院关于适用《中华人民共和国行政诉讼法》的解释第一百四十一条规定，人民法院一并审理相关民事争议，适用民事法律规范的相关规定，法律另有规定的除外。在本案中，甲村村民要求确认确认该协议无效，根据《民法总则》第一百八十八条规定，向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年，甲村村民2017年2月签订合同，2018年9月起诉，并未超过三年诉讼时效期间。
退一步来讲，即使将诉协议无效归于诉行政行为无效，也不该适用《行政诉讼法》中关于6个月起诉期限的限制。因为行政行为无效是一种严重明显的违法行为，自始无效始终无效，没有诉讼时效的限制。即使考虑督促权利人及时行使权力，未起诉行政行为无效设置一个期间，也应该适用《行政诉讼法》四十六条第二款规定，因不动产提起诉讼的案件自行政行为作出之日起超过二十年提起诉讼的，人民法院不予受理。
法律规定：
1、《行政诉讼法》
第十二条 人民法院受理公民、法人或者其他组织提起的下列诉讼：
（十一）认为行政机关不依法履行、未按照约定履行或者违法变更、解除政府特许经营协议、土地房屋征收补偿协议等协议的；
第四十六条 公民、法人或者其他组织直接向人民法院提起诉讼的，应当自知道或者应当知道作出行政行为之日起六个月内提出。法律另有规定的除外。
因不动产提起诉讼的案件自行政行为作出之日起超过二十年，其他案件自行政行为作出之日起超过五年提起诉讼的，人民法院不予受理。
2、最高人民法院关于适用《中华人民共和国行政诉讼法》的解释
第一百四十一条 人民法院一并审理相关民事争议，适用民事法律规范的相关规定，法律另有规定的除外。
当事人在调解中对民事权益的处分，不能作为审查被诉行政行为合法性的根据。
3、《中华人民共和国民法总则》
第一百八十八条 向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。法律另有规定的，依照其规定。
诉讼时效期间自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。法律另有规定的，依照其规定。但是自权利受到损害之日起超过二十年的，人民法院不予保护;有特殊情况的，人民法院可以根据权利人的申请决定延长。
