这是一起合同纠纷，甲公司不能行使追偿权，因为甲公司欠施工单位的工程款和乙村委会欠甲公司的垫资款，是两个不同的法律关系。
起诉300万垫资不属于追偿权，根据法理和司法实践得知，追偿权纠纷主要包含三种情况，但不限于：
一是担保责任追偿权纠纷，法律依据：主要是《物权法》、《担保法》、最高人民法院《关于适用<中华人民共和国担保法>若干问题的解释》以及最高人民法院《关于已承担保证责任的保证人向其他保证人行使追偿权问题的批复》；
二是合伙债务追偿权纠纷，法律依据：一是《民法通则》及相关司法解释中有关个人合伙及法人联营的规定，二是《合伙企业法》的相关规定；
三是侵权责任追偿权纠纷，其法律依据主要是《侵权责任法》，比如因第三人的过错污染环境造成损害的，被侵权人可以向污染者请求赔偿，也可以向第三人请求赔偿。污染者赔偿后，有权向第三人追偿；被侵权人可以向动物饲养人或管理人请求赔偿，也可以向第三人请求赔偿。饲养人或管理人可以向第三人追偿等等。
协议签订后甲公司根据合同约定履行义务，住宅小区房屋也已经全部交付乙村委会，但乙村委会却没有按照合同约定向甲公司支付相应款项，甲公司应该按照合同纠纷的有关规定，将乙村委会起诉到法院，以维护当事人的合法权益。
法律依据：
1、《民法通则》 第三十五条 合伙的债务，由合伙人按照出资比例或者协议的约定，以各自的财产承担清偿责任。合伙人对合伙的债务承担连带责任，法律另有规定的除外。偿还合伙债务超过自己应当承担数额的合伙人，有权向其他合伙人追偿。
第八十九条 依照法律的规定或者按照当事人的约定，可以采用下列方式担保债务的履行：
（一）保证人向债权人保证债务人履行债务，债务人不履行债务的，按照约定由保证人履行或者承担连带责任；保证人履行债务后，有权向债务人追偿。
2、《物权法》 第二十一条 当事人提供虚假材料申请登记，给他人造成损害的，应当承担赔偿责任。因登记错误，给他人造成损害的，登记机构应当承担赔偿责任。登记机构赔偿后，可以向造成登记错误的人追偿。
第一百零二条 因共有的不动产或者动产产生的债权债务，在对外关系上，共有人享有连带债权、承担连带债务，但法律另有规定或者第三人知道共有人不具有连带债权债务关系的除外；在共有人内部关系上，除共有人另有约定外，按份共有人按照份额享有债权、承担债务，共同共有人共同享有债权、承担债务。偿还债务超过自己应当承担份额的按份共有人，有权向其他共有人追偿。
第一百零七条 所有权人或者其他权利人有权追回遗失物。该遗失物通过转让被他人占有的，权利人有权向无处分权人请求损害赔偿，或者自知道或者应当知道受让人之日起二年内向受让人请求返还原物，但受让人通过拍卖或者向具有经营资格的经营者购得该遗失物的，权利人请求返还原物时应当支付受让人所付的费用。权利人向受让人支付所付费用后，有权向无处分权人追偿。
第一百七十六条 被担保的债权既有物的担保又有人的担保的，债务人不履行到期债务或者发生当事人约定的实现担保物权的情形，债权人应当按照约定实现债权；没有约定或者约定不明确，债务人自己提供物的担保的，债权人应当先就该物的担保实现债权；第三人提供物的担保的，债权人可以就物的担保实现债权，也可以要求保证人承担保证责任。提供担保的第三人承担担保责任后，有权向债务人追偿。
3、《担保法》 第十二条 同一债务有两个以上保证人的，保证人应当按照保证合同约定的保证份额，承担保证责任。没有约定保证份额的，保证人承担连带责任，债权人可以要求任何一个保证人承担全部保证责任，保证人都负有担保全部债权实现的义务。已经承担保证责任的保证人，有权向债务人追偿，或者要求承担连带责任的其他保证人清偿其应当承担的份额。
第三十一条 保证人承担保证责任后，有权向债务人追偿。
第三十二条 人民法院受理债务人破产案件后，债权人未申报债权的，保证人可以参加破产财产分配，预先行使追偿权。
第五十七条 为债务人抵押担保的第三人，在抵押权人实现抵押权后，有权向债务人追偿。
第七十二条 为债务人质押担保的第三人，在质权人实现质权后，有权向债务人追偿。
4、《合伙企业法》 第四十条 合伙人由于承担无限连带责任，清偿数额超过本法第三十三条第一款规定的其亏损分担比例的，有权向其他合伙人追偿。
5、《侵权责任法》
第六十八条 第六十八条 因第三人的过错污染环境造成损害的，被侵权人可以向污染者请求赔偿，也可以向第三人请求赔偿。污染者赔偿后，有权向第三人追偿。
第八十三条 因第三人的过错致使动物造成他人损害的，被侵权人可以向动物饲养人或者管理人请求赔偿，也可以向第三人请求赔偿。动物饲养人或者管理人赔偿后，有权向第三人追偿。
