根据《土地管理法实施条例》第45条之规定，国土资源局可以责令当事人交出土地。但是，《土地管理法》、《土地管理法实施条例》并未赋予其强制执行权，根据以上规定，国土资源局必须依法申请法院强制执行，也就是必须由国土资源局申请法院对农村房屋实施强制搬迁，国土资源局本身并没有该行政职权。
    法律法规：
1、《土地管理法实施条例》
    第四十五条  违反土地管理法律、法规规定，阻挠国家建设征收土地的，由县级以上人民政府土地行政主管部门责令交出土地；拒不交出土地的，申请人民法院强制执行。
2、《行政强制法》
    第十三条行政强制执行由法律设定。
    法律没有规定行政机关强制执行的，作出行政决定的行政机关应当申请人民法院强制执行。
3、《最高人民法院关于违法的建筑物、构筑物、设施等强制拆除问题的批复》
北京市高级人民法院：
    根据行政强制法和城乡规划法有关规定精神，对涉及违反城乡规划法的违法建筑物、构筑物、设施等的强制拆除，法律已经授予行政机关强制执行权，人民法院不受理行政机关提出的非诉行政执行申请。